Dnia 3 września wojska niemieckie wkroczyły do Jasienicy. Zaczęła się okupacja. W czasie wkraczania Niemców do Jasienicy zginęło 2 żołnierzy polskich. Są pochowani na starym cmentarzu. Przed wkraczającymi do wsi wojskami niemieckimi część ludności uciekała na wschód. Sześciu z nich przypłaciło to życiem. W czasie okupacji nikt nie był pewny swego życia. Aresztowanych przewożono do Bielska, skąd po krwawych przesłuchaniach odsyłano do obozów koncentracyjnych. Osiemnastu Jasieniczan przebywało w obozie, nie powróciło ośmiu.
W październiku pierwszego roku wojny odbył się spis ludności. Kto się przyznał do ludności polskiej, ten na każdym kroku był śledzony i podejrzany. Zakazano odprawiania nabożeństw w języku polskim. Z kościoła zabrano powtórnie wszystkie dzwony. Niemcy nakazali grzebanie Polaków poza obrębem cmentarza. Wielu katolików pochowanych jest na cmentarzu ewangelickim.